MT4.1に変更したため、コメント投稿ができなくなった・・・
という現象がおきているのかと思いましたが、
そうではなく、
CAPTCHAプロバイダの設定をしたため、
旧バージョン（MT3）から利用されている方のテンプレートには、
それらのタグがないからそうなってしまうそうで。
コメントを投稿すると
「入力された文字列が正しくありません」
と、表示されることがあります。
これは、その新機能を使うとそうなるようです。
また、コメントの確認ページを使う設定でも同様に、
コメント投稿ができなくなるようです。